论文阅读和写作是科研人员的核心技能。事实上，论文发表的成功作为评价科研人员的标准并预测他们未来可能的成就。在论文的生产和消费中，涉及多方参与其中，每一方都有自己的目的和着眼点。编辑想确保论文是有意义的；审稿人想确定结论是否被充分证明；读者希望快速理解论文的结论，再决定是否深入了解细节。作者则希望向尽可能广泛的受众传达重要的研究贡献，同时说服专家这些成果是可信的。你可以通过在句子、段落、章节和文档等多个方面组织好论文来促进达成所有这些目标。
清晰的沟通对于更广泛的科学事业也是至关重要的，因为“概念转移”是科学交叉的瓶颈。在生物科学和其他领域尤其如此，这些领域包含一个由高度互联的子学科组成的巨大网络。随着科研人员越来越专业化，加强概念联系变得更加重要，也更加困难。跨越学科界限的交流只有在论文可读、可信和容易记住的情况下才能奏效。
研究成果必须有数据和可信的逻辑支持。如果不仔细规划论文的逻辑，作者往往会在得出结论的过程中遗漏数据或逻辑步骤。你的科学逻辑必须非常清晰，才能有力地提出你的主张。
在这里，我们提出了十条简单的论文结构规则。前四条规则适用于论文的所有部分，以及其他形式的交流。接下来的四条规则处理论文每个主要部分的主要目标。最后两条规则提供了流程指南——有效构建论文的启发式方法。
写作就是交流。因此，读者的体验是最重要的，所有的写作都是为了这个目的。当你写作时，你应该时刻牢记你的读者。这四条规则帮助你避免流失读者。
◆ 规则1：把你的论文集中在一个中心点上，可以在标题中表达出来
如果读者在阅读你的论文一年后仍能向他们的同事描述这篇论文的核心观点，你的沟通就成功了。虽然一篇论文在传递最终信息的过程中经常需要传达许多创新，但不要太贪婪，请专注于一个中心点。同时关注多项贡献的论文往往对每一项都不太有说服力，因此不太容易让人记住。
论文最重要的元素是标题——你读过的标题的数量远多过你读过的论文数量。标题通常是读者遇到的第一个元素，所以它的质量决定了读者是否会花时间阅读摘要。
标题不仅传达了论文的核心观点，也是对你一个持续的提醒，让文章专注于传达这个思想。毕竟，科学是从复杂的数据中抽象出简单的原理。标题是论文成果的最终提炼。提前并定期思考题目不仅有助于论文的写作，也有助于设计实验或发展理论。
第一条规则最难实现，科学的关键挑战是使主张和模型尽可能简单，而且有数据和逻辑可以支持。你为找到这种平衡所做的努力可能会产生一个多方面的贡献。例如，一篇技术论文可以描述它的新技术和使用该技术的生物学结果；统一这两个方面的桥梁就是清楚地描述新技术如何被用来做新的生物学。
因为你是世界上最擅长你所做的事情的专家，你也是世界上最没有资格从读者的角度来评判你的作品的人。大多数写作错误都源于这种困境。像设计师一样思考，确定你想对人们产生的影响。然后试着像一个陌生的读者一样思考这篇论文，关心你正在解决的问题，理解你的答案。
明确定义技术术语，因为当读者遇到他们不理解的术语时，他们会感到沮丧。避免缩写和首字母缩略词，这样读者就不必回到前面的章节来查阅它们。
人类心理学知识对论文写作很有用。例如，人们的记忆受到限制，只能记住少量的项目，相对于中间的内容更擅长记住开头和结尾的内容。尽最大努力减少读者必须记住的内容数量。
◆ 规则3：坚持背景-内容-结论(Context-Content-Conclusion，C-C-C)结构
绝大多数难忘的故事都有一个结构，这个结构有一个清晰的开始，一个明确的主体和一个结尾。开始为故事建立了背景，而主体(内容)将故事推向了一个结局，在这个结局中问题找到了它们的答案。这种结构减少了读者疑惑“为什么有人告诉我这个？”(如果背景缺失)或“那又怎样？”(如果结论缺失)。
讲故事的方式有很多种。大多数情况下，他们在如何服务耐心的读者和不耐烦的读者方面有所不同。不耐烦的读者需要迅速投入；这可以通过首先呈现最激动人心的内容(例如，在新闻文章中看到的)来实现。我们提倡的C-C-C方案服务于更有耐心的读者，他们愿意花时间熟悉背景。科学文章的结构，特别是标题和摘要的首要地位，已经迅速揭示了内容。因此，一个继续阅读引言的读者很可能会有足够的耐心去理解背景。此外，科学中过度的“内容优先”故事结构的一个危险是，因为读者错过了重要的背景，读者可能会产生怀疑。基于这些原因，我们提倡C-C-C作为“默认”的科学故事结构。
C-C-C方案在多个尺度上定义了论文的结构。对整篇论文来说，引言设定背景，结果是内容，讨论得出结论。在段落上应用C-C-C，第一句定义主题或背景，主体包含故事内容，最后一句提供要记住的结论。
偏离C-C-C结构往往会导致论文难以阅读。在科研的日常生活中，我们大部分时间都在制作内容。我们进行实验，发展现有文献的阐释，并利用人类认知结合思想。想把这些努力记录在纸上并按时间顺序组织一篇论文是很自然的。但是对我们的读者来说，我们活动的大多数细节都是无关紧要的。他们不在乎你通过什么样的路径获得结果；他们只关心最终的主张和支持它的逻辑。因此，我们所有的工作都必须重新格式化，以提供一个使我们的文章有意义的背景和一个帮助读者理解和记忆的结论。
◆ 规则4：通过避免曲折表达和使用平行叙述来优化你的逻辑流程
避免曲折表达。只有论文的中心思想要多次提及。每个主题应该只覆盖一个地方，以最大限度地减少主题的重复。相关的句子或段落应该连贯，不要被不相关的材料打断。类似的观点，比如我们应该相信某件事的两个理由，应该紧密相连。
使用平行叙述。同样，在连续的段落或句子之间，平行的信息应该以平行的形式交流。平行使阅读文本更容易，因为读者熟悉结构。例如，如果我们有三个独立的理由来解释为什么我们更喜欢一个结果而不是另一个结果，那么用相同的语法来交流它们更好，这个语法对读者来说更加明了，这使得他们可以专注于内容。同一个单词在一个句子或段落中多次使用没有错。抵制用不同的词来指代同一个概念的诱惑——这样做会让读者怀疑第二个词是否有不同的含义。
论文的各个部分——摘要、介绍、结果和讨论——有着不同的目标，因此每个人为了达到他们的目标，在应用C-C-C结构上都有不同。我们将在这一节讨论这些特殊的结构，并在图1中总结它们。
对大多数读者来说，摘要是论文中唯一阅读的部分。这意味着摘要必须有效地传达论文的全部信息。为了达到这个目的，摘要的结构是高度保守的。每一个C-C-C元素详述如下。
背景必须向读者传达论文将填补什么空白。第一句话通过介绍特定研究所处的广泛领域来引导读者。然后，这个背景缩小，直到它落在研究回答的问题上。一个成功的背景部分通过传达文献中缺少的内容(即具体的空白)和为什么重要(即具体的空白和论文开头的广泛背景之间的联系)，为突出论文的贡献和当前的技术水平奠定了基础。
内容首先描述你用来填补空白或问题的新颖方法或途径。然后展示对结果的总结。
最后，结论解释结果以回答在背景末尾提出的问题。结论部分通常有第二部分，强调这一结论如何推进更广泛的领域(即“更广泛的意义”)。对于拥有广泛读者群的更“普遍”的期刊来说尤其如此。
这种结构有助于你避免最常见的摘要错误，即在读者准备好理解结果之前就谈论它们。好的摘要通常需要多次迭代来确保结果填补空白，就像钥匙适合锁一样。宽-窄-宽的结构允许你与更广泛的读者交流，同时保持你的主张的可信度。
引言强调了当前知识或方法中存在的空白以及为什么它很重要。这通常是通过一系列逐渐变得更具体的段落来完成的，这些段落最终清楚地阐述了文献中缺乏的内容，然后是一个段落，总结了论文为填补这一空白所做的工作。
作为空白进展的一个例子，第一段可以解释为什么理解细胞分化是一个重要的课题，并且该领域还没有解决触发它的因素(领域空白)。第二段可能解释了关于特定细胞类型分化的未知情况，如星形胶质细胞(一个子领域空白)。第三段可能会提供线索，说明某个特定的基因可能会驱动星形胶质细胞的分化，然后声明这个假设未经测试(你将填补的子领域内的空白)。空白明确了读者对论文的期望。
每一段引言的结构(除了最后一段)都是为了引出空白。每一段首先将读者导向主题(一两个背景句子)，然后解释相关文献内容中的“已知”，然后到达论文在相关领域上重要的关键“未知”(结论)。沿着这条路，经常会有关于空白背后的神秘线索；这些线索导致了未经检验的假设或未开发的方法，并给读者带来了解开谜团的希望。引言不应包含超出论文目的的文献综述。这种以空白为中心的结构使得有经验的读者很容易评估一篇论文的潜在重要性——他们只需要评估声称的空白的重要性。
引言的最后一段比较特别：简洁地总结了结果，填补了你刚刚建立的空白。它与摘要在以下方面有所不同:它不需要呈现背景，它对结果更具体一些，它只简要预览了论文的结论。
◆ 规则7：以一系列陈述的形式阐述结果，并辅以图表
结果部分需要让读者相信中心观点是有数据和逻辑支持的。每一个科学论点都有其特定的逻辑结构，它规定了其元素应该呈现的顺序。
例如，一篇论文可以建立一个假设，验证一种测量方法在所研究的系统中是有效的，然后使用该测量来推翻该假设。或者，一篇论文可以建立多个备选(和互斥)假设，然后推翻除一个以外的所有假设，为剩余的解释提供证据。论证的结构将包含整体逻辑所需的控件和方法。
在论文准备的提纲阶段，勾画出你的结果如何支持你的主张的逻辑结构，并将其转换成一系列声明性的陈述，这些陈述成为结果部分的标题(或图表标题)。大多数期刊允许这种格式，如果你选择的期刊不允许，这些标题在写作阶段仍然有用，可以作为你文章的引言句，也可以在提交前删除。如此清晰的逻辑步骤使论文易于理解。
图表、它们的标题和图注特别重要，因为它们显示了论文最终主张的最客观的支持(数据)。此外，读者经常会为了节省时间而直接跳过摘要来查看数据。因此，图表的标题应该传达分析的结论，图注应该解释它是如何完成的。图表本身就是一门艺术；爱德华·塔夫特书籍仍然是学习这门技艺的黄金标准。
第一个结果段是特别的，因为它典型地总结了在引言中概述的问题的整体方法，以及开发的任何关键的创新方法。大多数读者没有阅读这些方法，所以这一段给了他们所使用的方法的要点。
结果部分中的每个后续段落都以一两句话开始，这两句话设置了该段落所回答的问题，例如下面的内容:“为了验证没有人为影响..。我们测量的信度是多少？”或者“我们接下来测试了是否涉及通过L型Ca2+通道的Ca2+流量。”段落中间呈现了与问题相关的数据和逻辑，段落以回答问题的句子结束。例如，它可以断定没有检测到任何潜在的伪像。这种结构使有经验的读者很容易对论文进行事实核查。每一段都让读者相信其最后一句话给出的答案。这使得很容易找到得出可疑结论的段落，并检查该段落的逻辑。每个段落的结果都是一个逻辑陈述，往下的段落依赖于前面段落的逻辑结论，就像数学文献中建立的定理一样。
◆ 规则8：讨论空白是如何填补的，解释局限性，以及与该领域的相关性
讨论部分解释了这些结果如何填补了引言中确定的空白，对解释进行说明，并描述论文如何通过提供新的机会来推进该领域。这通常是通过概括结果，讨论局限性，然后揭示核心贡献如何催化未来的进展来完成的。第一个讨论段落很特别，因为它概括了结果部分的重要发现。一些读者跳过了结果的大部分，所以这一段至少给了他们那一部分的要点。
下面讨论部分的每一段都是从描述论文的弱点或优点开始的。然后，通过与相关文献相联系来评估优势或劣势。讨论段落通常以一种巧妙的、非正式的方式来谈论贡献，或者可以扩展贡献的未来方向。
例如，第一段可能会总结结果，侧重于它们的含义。第二至第四段涉及潜在的弱点，以及如何减轻担忧或未来的实验如何处理这些弱点。第五段以描述论文如何推进该领域而告终。因此，读者一步一步地学会把论文的结论放到正确的背景中。
为了写出一篇好论文，作者可以使用有用的流程和习惯。一篇论文的某些方面比其他方面更能影响它的价值，这表明你投入的时间应该放在最重要的问题上。此外，使用同事的反馈可以让作者在各个层面上改进故事，以产生一份强大的手稿。选择正确的流程，写论文更容易、更有效。
◆ 规则9：在重要的地方分配时间：标题、摘要、图表和大纲
支持科学主张的核心逻辑至关重要。它也是连接研究工作的实验阶段和论文写作阶段的桥梁。因此，将正在进行的实验工作的逻辑(例如，在实验室会议期间)形式化为某种最终指导论文大纲的文档是有用的。
你也应该根据每个部分的重要性来分配你的时间。标题、摘要和图表比论文的其他部分被更多的人阅读，方法部分是阅读最少的部分。相应地进行预算。
我们花在每个部分的时间可以通过在制作文本之前规划文本来有效地利用。做个提纲，为每个计划好的段落写一个非正式的句子。围绕每个结果的描述开始这个过程——这些可能成为结果部分中的标题。因为故事有一个整体的弧线，所以每一段都应该有一个明确的角色来推进这个故事。这个角色最好在提纲阶段仔细检查，以减少浪费在无用文字段落上的时间。
写作是一个优化过程，在这个过程中，你同时改进故事、大纲和所有组成句子。在这种情况下，重要的是不要过于依赖自己的作品。在许多情况下，删除整个段落并重写比增量编辑能更快地产生好文本。
多种迹象表明进一步的工作是必要的(见表1)。例如，如果你作为作者，不能在几分钟内向同事描述一篇论文的整个大纲，那么读者显然就不能。你需要进一步提炼你的故事。发现这种违反好文章的行为有助于提高论文的各个层次。
成功地写一篇论文通常需要多人的参与。测试读者是必要的，以确保整个故事的工作。他们还可以就故事进展得太快或太慢的地方提供有价值的信息。他们可以说明什么时候最好回到画板上复述整个故事。审稿人也是极其有用的。不具体的反馈和不热情的评论通常意味着审稿人没有“理解”大画面的故事线。非常具体的反馈通常指出段落中逻辑不充分的地方。以积极的方式接受这种反馈至关重要。因为来自他人的投入是必不可少的，所以一个乐于助人的同事网络是让一个故事令人难忘的基础。为了保持这个网络的运行，一定要通过阅读同事的手稿来回报他们。
这篇论文的重点是论文的结构或“解剖”。我们不得不忽略许多写作的细节，包括单词选择和语法、创作过程和协作。一篇关于写作的论文永远不可能完整；因此，有大量关于科学写作问题的文献。
个人风格通常会导致作者偏离一个僵化、保守的结构，阅读一篇创造性地不守规则的论文可能是一种乐趣。然而，就像生活中的许多其他事情一样，彻底掌握标准规则对于成功地改变它们是必要的。遵循这些指导方针，科学家将能够面对广泛的受众，连接不同学科，更有效地整合科学。
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